A korszak egyik fő kérdése, mely a felügyelettel való összetűzést is eredményezett, a magyar tanítási nyelv ügye volt. Bár az első évben Ney Ferenc igazgató komolyan aggódott, hogyan fog sikerülni az átállás a magyar nyelvű oktatásra, a belső körülmények kedvezően alakultak: „E munka, mely az igazgatóra és a tanári testületre várt, nagy és nehéz vala. Nemcsak a német iskolától átvett szép örökséget kellett fenntartani, de amannak mulasztásait helyre hozni s e mellett a német, vagyis nálunk inkább az osztrák eredetű reáliskolai intézmény iránti idegenkedést kellett megszüntetni. (…) Egészében véve mindazáltal oly szerencsésen estünk át ez első éven, s oly öntudatosan fogta fel a fiatalság a magyar tannyelv messzeható jótékonyságát, miszerént bátran elmondhatni: hogy e kisérleti év nem válik szégyenünkre.” (1862-es értesítő)
A külső körülmények azonban nem alakultak ilyen jól, hiszen a Helytartótanács megpróbálkozott a német nyelv visszaállításával. A reáltanoda válasza egyértelmű volt: „A tanári testület azt a rendelkezést, hogy ismét németül tanítson az iskolában, tisztelettel, de a leghatározottabban elutasítja. Ezt nem a német nyelv vagy éppen a német műveltség gyűlöletéből ellenezzük, hanem egyes-egyedül a már egyszer magyarrá lett intézethez ragaszkodó azon aggodalomból ösztönözve, hogy ilyen engedékenység könnyen első lépéssé válhatnék azon az ösvényen, amely nyomról nyomra észrevétlenül visszavezethetne az intézet teljes németesítéséhez. Már pedig azt, amennyire tőlünk függ, nem tartjuk megengedhetőnek – attól pedig, hogy mi magunk nyújtsunk ennek előkészítéséhez bárgyú segédkezet, valóban irtózunk.” A Reáltanoda ezzel az állásfoglalásával visszaverte a magyar nyelv elleni támadást, azonban átmeneti gesztusként a német gyerekeknek megengedték, hogy németül számoljanak be tanáraiknak. A korszak másik kérdése az volt, hogy mi lesz a reáliskolákkal? Ney Ferenc igazgató, aki azt szerette volna, ha a reáltanoda egyértelműen középiskolává váljon, nem látta biztosítottnak az intézet megmaradását. Az osztrák eredetű iskola elfogadtatását eleve nehéz feladatnak tartotta, ezért minden helytartótanácsi átszervezési javaslatot támadásnak vett, és visszautasított: „A reáliskola ügye a mi sajátunk, vagyonunk, életünk. Ne méltóztassék ezt csupán anyagi értelemben venni. A reáltanoda ügye oly annyira sajátunk, hogy szellemi vagyonunk, életünket zárja magába. Mi ezen ügynek szenteltük munkásságunkat, nem csupán kenyérkereseti érdekekből, hanem mint a nemzet hű napszámosai, belső meggyőződésből.” (tanári tanácsülés jegyzőkönyve 1862) Utólag megállapítható, hogy aggodalma felesleges volt, hiszen Pest városa nagyon ragaszkodott a reáliskolát létrehozó korábbi döntéséhez.
1869-ben megszűnt az iskola felekezeti jellege. Korábban ez azt jelentette, hogy a hitoktató a tantestület rendes tagja volt, a tanítás imával kezdődött és végződött, emellett bizonyos egyházi eseményeken az iskola diáksága részt vett a körmenetekben. A változás legfőbb oka az volt, hogy megnőtt a nem katolikusok aránya. A Reáltanodában ez a korábbiakban is tendencia volt, hiszen már az 1850-es évek vége felé a tanulók több mint negyede nem volt keresztény, s több mint 75%-a nem volt katolikus. Az iskolában ezután, több felekezetnek adva otthont, a hittantanár – akit nem a főváros biztosított, hanem az egyház delegált – kikerült a rendes tanárok közül.
A korszakban a reáliskola tekintélyét emelték és népszerűségét növelték, s ezért mind az igazgató mind a hatóságok támogatását is élvezték azok a programok, melyeken a városi polgárság is részt vehetett. Az 1867-68-as tanévben az iskola tanárai ingyenes népszerű előadásokat tartottak, melyek „ez időben divatczikkekül szerepeltek, annyira, hogy a közönség majdnem görbe szemmel nézett oly intézetre, mely ily előadások tartásától vonakodott volna.” Emellett távírászati és gyorsírászati tanfolyamokat is tartottak itt voltak az országos tanáregylet választmányi gyűlései a hetvenes években, s itt ülésezett a városi légszesz vizsgáló bizottság, a tornaegylet, a tűzoltó egylet és a gyorsírók egylete is.
A főváros egyesítése után, 1874-ben az iskola új pecsétet és elnevezést kapott: a neve Budapest Főváros IV. Kerületi Községi Nyilvános Főreáltanoda lett.
A magyarrá vált iskolának természetesen új tanárokra volt szüksége, ezért a városi közgyűlés kijelentette: „Megbízatásunkhoz képest a magyarul nem tudó német tanár urakat egyenkint személy szerint felszólítottuk, vannak-e közöttük, kik a jövő ősztől fogva magyar nyelven tanítani képesek lennének? A nem-mel válaszolóknak hivatalosan tudtukra adjuk, hogy jövő ősztől fogva a pesti főreáltanodában nem működhetnek.” Az elbocsátott német tanárok fellebbeztek a határozat ellen, s ügyük csak 1863-ban zárult, a végkielégítések kifizetésével. Ezek után a hat megüresedett tanári állásra pályázatot hirdettek ki, melyre 107 jelentkezés érkezett. A városi tanács egyenként meghallgatta a jelölteket. A felvetteket csak ideiglenes alkalmazta, és csak az első sikeres év után erősítette meg őket állásukban.
Az első magyar tantestület rendes tagjai a következők voltak: Mihálka Antal, a természetrajz tanára, dr. Szabóky Adolf, a hittan tanára, Ney Ferenc, a magyar nyelv tanára, dr. Kondor Gusztáv, az aritmetika tanára, Eiber Ternyei Ferenc, a mértani rajz tanára, dr. Kudelka István, a történelem és földrajz tanára, Hamar Leó, a természettan tanára, Felsmann József, a magyar nyelv tanára, Preysz Móric, a vegytan tanára, Szemlér Mihály, a szabadkézi rajz tanára, dr. Tóth Sándor, a természetrajz tanára, aki a latint is tanította.
Rendkívüli tanárok voltak Clair Ignác, a testgyakorlat tanára, Fenyvessy Adolf, a gyorsírás tanára, Masson Károly a francia nyelv tanára, Turcsányi János, a szépírás tanára.
Segédtanítók voltak Aujeszky Lipót, a magyar nyelv tanítója, Strommayer Mátyás, a szabadkézi rajz tanítója, Weisz Ferenc, a mértani rajz tanítója.
A magyarrá vált reáliskola hatévfolyamos korszakában (1861-1875) nagyon sok volt a változás a tanári karban, ami rossz hatással volt a fegyelemre és a tanításra is. A változások több okra vezethetők vissza. A folyamatosan megjelenő új tantárgyak új tanárokat kívántak. A tanári kar túlterheltsége miatt sok volt a betegeskedés, sőt több haláleset is történt ebben az időszakban. A tanárok folyamatos elvándorlását eredményezte, hogy 1867 után sok új reáliskola keletkezett, és ezekben képesítés nélkül is rendes tanárrá lehetett válni. A tanárok számára riasztóak voltak a nagyon magasak osztálylétszámok, s az egyre emelkedő heti óraszámok is. Az előbb említett tendenciák miatt keletkező párhuzamos osztályokban sokszor csak segéd vagy ideiglenes tanárokat tudott az intézet alkalmazni. Mindennek következménye az lett, hogy lehetetlenné vált hosszú távra tervezni, hagyományokat építeni, a reáltanodához kötni a tanárokat. Ney Ferenc igazgató folyamatosan küzdött a rendes tanári állások számának növeléséért, de ez a törekvése csak az iskola nyolcosztályossá válásával valósult meg.
A hatosztályos időszakban az iskola tanulói létszáma folyamatosan növekedett, mintegy igazolva a reáliskola fennmaradásának jogosságát. Ney Ferenc igazgató létszámnövelő törekvését a kiegyezés után segítette a gazdasági fellendülés is, mely népszerűvé tette azt az iskolatípust. Az első iskolai értesítők meglepő létszámokról számoltak be: „A rendes előadások november 4-én megkezdetvén, csakhamar azon meggyőződés szilárdult meg a tanári testület kebelében, hogy az első osztály – melybe 147 tanonc gyűlt össze – sikeresen nem vezethető kellő előmenetelre, hacsak két szakaszra nem különíttetik…” (1861) A következő tanévben is az első osztályokba 225 tanuló iratkozott be, így a kétfelé bontás sem hozta meg a kellő létszámot, s a helyzet a hatvanas évek végére sem változott.
A túlzottan magas létszám viszont negatív következményekkel járt. Sok volt a kilépés, kimaradás, aminek egyik fő oka a túlzottan nagy létszám eredményezte kisebb hatékonyságú tanítás volt, a másik ok pedig az, hogy az első és másodikos tanulók nagy része abbahagyta az iskolát, mert a szakmájukhoz elég volt ennyi tanulási idő is. A gyenge teljesítményhez (a végzettek aránya a felvettek kb. 50%-a volt) hozzájárult a gyenge gyerekanyag is: „El nem mulaszthatom kifejezni azon figyelmeztetést, hogy számosan igen téves felfogást tanusítanak, ha a gymnasiumban tett csekélyebb haladás után, onnan ide mintegy menekülni akarnak, azt képzelvén, hogy itt könnyebb szerével, kevesebb munkával és gyengébb tehetségekkel is boldogulhatnak. Ha ilyenek aztán várakozásukban csalódnak, ez csak intésül szolgálhat másoknak s különösen a nem elég tájékozott szülőknek: hogy balga reményekkel ne áltassa magát senki azt hívén: hogy „mivel a fiúnak nincs elég esze a gymnasiumra, jó lesz majd a reáliskolába.” (Szóról szóra idéztem némely elfogultak szája után.)” panaszkodott Ney igazgató az 1870-es iskolai értesítőben.
A korszakban a tantárgyakat két csoportra bontották. A rendes tantárgyakat minden gyereknek tanulnia kellett, míg a rendkívüli tantárgyakat választani lehetett, és fizetősek voltak. Új rendes tárgy lett a lélek- és észtan, „melynek tudásával lehet egyedül az eldarabolva szerzett ismeretek halmazát rendszeres egésszé tenni”, s melyet csak az utolsó évfolyamon tanítottak (elnevezése 1875 után bölcsészettanra változott). Új tárgy lett a magyar nyelv és irodalom, melyet „olyan móddal és terjedelemben kívánjuk tanítani, hogy növendékeinknek a nyelvtani, a helyesírási s mondattani alakok és minták tökéletes tudása mellett, alkalmat találjanak megismerkedni a magyar költészeti és szónoklati tudománnyal, a magyar irodalom fejlődéstörténetével és ezek alapján saját gondolatjaikat, mind folyó mind kötött írásmóddal tanulják pontosan kifejezni és mások műveit aestheticai szempontból felfogni és megbírálni”. Az új tárgyat minden évfolyamon és minden osztályban tanították. Magyarország történelme és földrajza is új tantárgynak számított, hiszen a tanulók eddig csak Ausztriáéról hallhattak.
A rendes tárgyak mellett az új tantervben rendkívüli tantárgy lett a latin, az éneklés, a francia, a testgyakorlás és a gyorsírászat. A latin oktatása körüli vitákat az okozta, hogy tárgy a gimnáziumi tananyag fő eleme volt, „nem illett bele” tehát a reáliskolai tanítás jellegébe. Így 1869 és 1876 között megszüntették oktatását, ezzel is egyértelművé akarták tenni a reáliskolák különbözését a gimnáziumoktól.
A reáltanoda, akár a többi középiskola, csakis jóváhagyott tankönyveket használhatott, melyekről a tantestület „tankönyvi tanácskozmányai” döntöttek. Itt előbb a kezdeményező tanár méltatta a könyv érdemeit, bevezetésének hasznosságát, majd a bíráló következett. Végül az egész tantestület hagyta jóvá a tankönyv használatát. A könyvek beszerzésénél segített, hogy bizonyos könyvkereskedők erre a témára szakosodtak, ahol a diákok minden tankönyvet és segédeszközt megvásárolhattak.
A tanév szeptember elsején kezdődött és június végéig tartott. Három időszaka volt: az első szeptember elsejétől karácsonyig (december 23.), a második időszak január másodikától virágvasárnapig, a harmadik húsvét szerdájától június 30-ig. Az egyes időszakokban az órarend változhatott.
A tanév kezdetét jelentették a beiratkozások augusztus utolsó napjaiban. Az első osztályba csak 9 és 12 év közötti gyerekek iratkozhattak be. Ha a jelentkező diák bizonyítványa nem volt megfelelő, az intézet felvételi vizsgálatokat tarthatott, az igazgató és az illető osztály tanárai előtt. A beiratkozásnál a helyi fegyelmi szabályokat a szülők kezébe kellett adni. A felvétel alkalmával a tanulók beíratási díjat, ezenkívül az ifjúsági könyvtárra és a nyomtatott értesítőre fizettek (kezdetben 3 forint 15 krajcárt). A tandíjat félévenként szedték be. (kezdetben 5 forint 25 krajcárt, majd 10 forintot). A tandíj alól a jó magaviseletű és a jó előmenetelű szegény tanulókat felmentették.
A 19. századtól az arab vagy római számok helyett a többi betűformától eltérő, nagyobb betűkkel és szövegesen kellett beírni az eredményeket a bizonyítványokba. 1862-ben áttértek a számokra. 1863-ig minden tanítvány kapott írott bizonyítványt, utána azonban csak nyomtatásban megjelent érdemsorozatok voltak Személyesen csak az kapott bizonyítványt, aki elhagyta az iskolát. Ez alól csak az 1866-os év jelentett kivételt, amikor a porosz-osztrák háború miatt korábban ért véget a tanítás, és mindenki kapott bizonyítványt. Az első középiskolai Rendtartás 1869-ben kötelezővé tette a bizonyítványok „évnegyedenkinti vagyis négy időszak szerénti kiosztását.”